政務三役と官僚との関係については「相互に緊密な情報共有、意思疎通を図り、一体となって真の政治主導による政策運営に取り組む」とし、政治家による意思決定を前面に掲げた鳩山前内閣の基本方針を修正した。
また、初閣議では首相に事故があった場合の臨時代理の順位について、（１）仙谷由人官房長官（２）岡田克也外相（３）前原誠司国土交通相（４）中井洽国家公安委員長（５）千葉景子法相−−と決めた。【山田夢留】
■基本方針
各閣僚をはじめとする政務三役は、次の方針に基づき、職務に専念するものとする。
一、昨年の政権交代時にいただいた政権への期待が揺らいでいることを踏まえ、政権交代の原点に立ち返り、国民の皆様の信頼を回復することにまい進する。
一、国民が未来に対し希望を持てる社会を創（つく）るため、経済・財政・社会保障の一体的立て直しに誠心誠意取り組む。
一、各閣僚は、国民の代表である国会が選んだ菅内閣の一員として、省益にとらわれることなく、国務大臣としての総合的な立場から、一体となって、内外の政策課題に取り組む。
一、限られた人材・予算を有効に活用する観点から、行政の無駄遣いの根絶を一層徹底するほか、情報公開をさらに進めることにより、「行政の透明化」を推進する。
一、政務三役と官僚は、それぞれの役割と責任の下、相互に緊密な情報共有、意思疎通を図り、一体となって、真の政治主導による政策運営に取り組む。
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